In memoriam

Dieci anni fa moriva Stephen Jay Gould. Quello che da piccolo voleva fare il mondezzaio e che invece, a detta di molti, è stato il più grande biologo evoluzionista del ’900. Impossibile, e forse inutile, cercare di riassumere in un post la sua storia e le tante ragioni per le quali abbiamo un debito di gratitudine verso questo intellettuale. Un recente elzeviro de “Il sole 24 ore” mi sembra farlo più che bene, e comunque assai meglio di quanto potrei fare io. Mi accontenterò di ricordare solo due dei suoi tanti meriti:

  1. Quello di essere stato un baluardo tenace contro i rigurgiti anti-evoluzionisti della cultura americana. Tra l’altro, ha saputo interpretare questo ruolo usando una dialettica lucida ma quasi mai aggressiva, e quindi mostrando una apertura mentale assai maggiore di quella dei suoi antagonisti;
  2. E’ stato l’erede di Darwin nella capacità, geniale, di usare gli errori e le incongruenze come argomenti di indagine e di “rafforzamento” della teoria. Così come Darwin (il suo eroe) comprese che i difetti e certi “bizzarri artifici adattativi” degli organismi sono una delle prove più robuste dell’evoluzione, Gould seppe ripercorrere tutta la storia della Scienza per documentare ed analizzare casi di errori (in buona fede, non frodi) che hanno portato a conclusioni poi scartate ma anche a prospettive di pensiero innovative.

Fu, naturalmente, un grandissimo ricercatore. Metà della sua produzione è costituita da pubblicazioni di ricerca pura. Tra le quali spiccano quelle dedicate alla sua creatura: la teoria degli equilibri punteggiati.

Ricordare oggi la sua scomparsa, forse, potrebbe essere un modo per renderci conto di quanto drammaticamente abbiamo bisogno di figure come lui. E questo per un motivo semplicissimo: a quasi due secoli dalla sua comparsa, la Teoria dell’Evoluzione è ben lungi dall’aver permeato la nostra società e la nostra cultura. Anzi: quella che può essere una fonte incredibile per superare le divisioni sociali (si pensi al razzismo) è stata invece parodiata e storpiata al servizio delle ideologie e, a volte, persino della violenza. E, anche quando questo non avviene, basta guardarsi intorno per realizzare che una percentuale minima di persone, compresi gli “addetti ai lavori” l’hanno compresa. Una volta, tanto tempo fa, ho letto un’epigrafe di cui non ricordo l’autore: “chi non vede la sua vita cambiare di fronte all’apprendimento della teoria dell’evoluzione, è perchè non l’ha capita“.

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Il benessere e la felicità

Da un punto di vista obiettivo, preoccuparsi del senso o della fine della nostra esistenza e di quella delle altre creature mi è sempre parso assolutamente vuoto di significato.
Ciononostante ogni uomo e legato ad alcuni ideali che gli servono di guida nell’azione e nel pensiero. In questo senso il benessere e la felicità non mi sono mai apparsi come la meta assoluta (questa base della morale la definisco l’ideale dei porci). Gli ideali che hanno illuminato la mia strada e mi hanno dato costantemente un coraggio gagliardo sono stati il bene, la bellezza e la verità. Senza la coscienza di essere in armonia con coloro che condividono le mie convinzioni, senza la affannosa ricerca del giusto, eternamente inafferrabile, del dominio dell’arte e della ricerca scientifica, la vita mi sarebbe parsa assolutamente vuota. Fin dai miei anni giovanili ho sempre considerato spregevoli le mete volgari alle quali l’umanità indirizza i suoi sforzi: il possesso di beni, il successo apparente e il lusso.

Albert Einstein, Come io vedo il mondo.

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I grandi malvagi

Questo mondo è spaventoso proprio perché nessuno lascia in pace nessun altro, perché nel profondo dell’anima siamo tutti tiranni e riformatori, in poche parole, perché ciascuno di noi ha la folle idea di organizzare né più né meno che l’intero universo in accordo con le proprie convinzioni e necessità. Sono solo le singole capacità e il capriccio del destino a stabilire la quantità di male che questa o quella persona farà intorno a sé. Per questo non ho mai provato alcun odio, disprezzo o disgusto verso le grandi personalità negative della storia. Nerone, Caligola, Hitler, Stalin, siamo tu o io, guardati al microscopio e ingranditi alcune migliaia di volte. Diciamo la verità: ci fanno più male le insignificanti creature da cui siamo circondati. Non sono i grandi malvagi che ci hanno sottomessi. Siamo stati noi ad inventarli, a sollevarli sopra la loro mediocrità, a metterli sul trono per addossare la colpa a loro.
Svetislav Basara, Mongolski Bedeker, Ed. Quodlibet 2010

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Bidè, Biffa, Bismark

In biblioteca mi hanno detto che dovevo aspettare il turno, che il terminale era occupato. Ho spiegato che non c’era bisogno di terminali informatici, volevo solo un dizionario normale. Cioè normale, cosa intende, mi ha chiesto l’archivista. Eh uno con le parole, insomma, i lemmi, con il significato eccetera eccetera. Sì va bene i lemmi ma in che senso, mi ha chiesto ancora l’archivista. Nel senso, gli ho risposto, di uno di quelli che si sfogliano, cioè voglio dire, le pagine, che a volte è difficile spiegarsi, uno di carta, cioè cartaceo.

Intanto che dicevo cartaceo strofinavo le dita come quando si fa segno dei soldi. Ah, mi ha detto l’impiegata archivista, vuol dire uno tradizionale. Ecco, tradizionale, le ho detto, che spesso gli aggettivi non vengono fuori subito quando li chiami. Allora l’archivista si è messa a digitare sulla tastiera e a guardare molto preoccupata lo schermo. Va be’, mi ha detto, c’è il dizionario completo Melzi linguistico scientifico. Va bene, le ho detto, grazie. Ma mentre dicevo grazie e sentivo il nome del dizionario mi è scattato il meccanismo istrionico. Quando mi scatta il meccanismo istrionico dovrei sforzami di bloccare quella parte del cervello che dà lo stimolo alla parola. Invece niente, quella parte del cervello lì è fuori dalla sfera volitiva  e dentro quella concupiscibile. E’ il meccanismo psicologico comunicativo che è, dice Fëdor Pavlovič Karamazov, il papà dei fratelli, un misto di menzogna ed esibizionismo, verità e impostura: solo che Fëdor Pavlovič era contento di questa cosa, se ne vantava e poi beveva dei gran cognac, io invece quando mi capita volan sempre delle gran figure di merda e mi vergogno di una forza che mi impiccherei.

C’era un abate del Diciassettesimo secolo che diceva che il parlare è solo un movimento scomposto del corpo, un difettoso controllo di un orifizio, quello orale, uguale identico al difettoso controllo di ogni altro orifizio corporeo. E solo attraverso il sacro paradigma del silenzio l’uomo può sperare di uscire dal merdone della sua miserabilità. L’abate non aveva detto merdone ma era tanto per inquadrare.

Invece a me tutte le volte che salta fuori qualcosa che mi sembra collegato a qualcos’altro, si accende la lampadina del concupiscibile che comanda automaticamente la parola precisa a come verrebbe fuori a Fëdor Pavlovič Karamazov, cioè mista di menzogna ed esibizionismo, verità e impostura. Per fortuna non mi si accende spesso, la lampadina.

Ho detto alla signorina che mi ricordavo di un certo signor Melzi vissuto a cavaliere tra i secoli Diciottesimo e Diciannovesimo, dev’essere stato un diplomatico, un cancelliere napoleonico ma non sapevo che era anche un linguista: magari non è lui quello del dizionario, ma nel caso lo fosse, ho detto alla signorina che mi guardava come si guarda un pazzo, se ce ne fosse uno un po’ più recente e contemporaneo di dizionario invece che uno napoleonico è meglio, che certi vocaboli, tipo, per fare un esempio a caso, Kammerspiel, ecco parole così come Kammerspiel, o anche Biedermeier, magari sui dizionari napoleonici non le trovi.

Sono frasi a cavaliere tra il ruffiano e l’umoristico, inopportune e sterili, ma quando mi accorgo di averle dette con l’idea di sembrare furbo è già troppo tardi, e invece che furbo son passato da locco. L’archivista infatti ha fatto uno sguardo scettico dispregiativo di compatimento: questo è un volume recente, mi ha detto, c’è anche scritto su Nuovissimo; e mi ha fatto vedere sul monitor che c’era scritto Nuovissimo. Poi si è voltata verso altre bibliotecarie che anche loro avevan seguito il dialogo e facevano degli sguardi scettici dispregiativi di compatimento. Così mi sono andato a sedere al tavolino ad aspettare che mi portassero il vocabolario Melzi e mentre pensavo che sarebbe ora che mi ammazzassi è arrivata la signorina.

Un caratteristica dei dizionari cartacei, che li distingue da quelli virtuali ipertestuali, è che ingialliscono a vista d’occhio.

A vederlo così il dizionario Melzi versione Duemila sembrava vecchio di cento anni. Sono andato subito a vedere se c’era Kammerspiel o Biedermeier, non c’erano; ho provato nella sezione scientifica, niente. Che poi a pensarci bene ho riflettuto davanti alla rilegatura antichizzata del Nuovissimo Melzi, cosa c’entrano Kammerspiel o Biedermeier con la lingua italiana, solo un deficiente poteva pensare di trovarli su un vocabolario di italiano che quelle parole lì, novanta su cento, son parole tedesche. Mi son messo allora a sfogliare il dizionario per puro diversivo, se c’era magari qualche neologismo spinto o qualche parola vergine metalinguistica o qualche definizione obliqua. Tipo vicino a dove doveva esserci Biedermeier c’era bidè. Spiegazione di bidè: mobil da cesso. Che riflette un tipico modulo linguistico postmodernista che associa un pezzo di nomenclatura arcaica, come mobil, con un frammento futurista, come cesso. Poi una parola strana con una spiegazione ancora più strana: Biffa, pertica che si pianta in terra adattandovi in cima qualche oggetto bianco. Che chissà cosa vuol dire, cioè che interesse c’è, ho pensato, a dare un nome universale a una pertica che uno pianta per terra e ci attacca su degli oggetti bianchi, e chissà perché solo bianchi, che se eran neri o gialli non si chiamava più biffa. Misteri linguistici dell’era contemporanea. Sarebbe come dare un nome universale poniamo a un pezzo di legno con incollata su poniamo una dentiera: potrebbe essere un’opera scultorea, e allora puoi metterle un qualunque titolo, Orfeo ed Euridice, oppure Cariddi sulla rupe di Messina, o un’opera new age con un nome del tipo Gabbiani oppure Crepuscoli o Inquietudini, non so, ma se non serve a niente da un punto di vista pratico che cosa conta inventare un nome, che poi è un po’ quello che dicevano i filosofi analitici. Eppure questo è il postsimbolismo del linguaggio e allora quell’oggetto strano di legno con incollata una dentiera si chiamerebbe ad esempio sgrunfola e ne dizionario leggeresti: Sgrunfola, s.f., frantume ligneo color indaco recante all’apice una dentatura posticcia; dico color indaco perché si può decidere che il frammento ligneo sia solo di colore indaco, che se è di un altro colore allora non è più una sgrunfola. Intanto che pensavo al postsimbolismo del linguaggio ai filosofi analitici e alla sgrunfola sfoglio e vedo Frombola, borsetta di rete con funicella che serviva a scagliar pietre, che anche qui, non so cosa dire, il linguaggio del millennio in corso è strano; è vero che io son sempre un po’ polemico intransigente verso il linguaggio contemporaneo ma se una cosa è strana è strana. Eppure questo è il postsimbolismo del linguaggio e allora quell’oggetto strano di legno con incollata una dentiera si chiamerebbe ad esempio sgrunfola e nel dizionario leggeresti: Sgrunfola, s.f., frantume ligneo color indaco recante all’apice una dentatura posticcia; dico color indaco perché si può decidere che il frammento ligneo sia solo di colore indaco, che se è di un altro colore allora non è più una sgrunfola. Intanto che pensavo al postsimbolismo del linguaggio ai filosofi analitici e alla sgrunfola sfoglio e vedo Frombola, borsetta di rete con funicella che serviva a scagliar pietre, che anche qui, non so cosa dire, il linguaggio del millennio in corso è strano; è vero che io son sempre un po’ polemico intransigente verso il linguaggio contemporaneo ma se una cosa è strana è strana. […].

Sfoglio ancora e trovo Musica, con tavola illustrativa strumenti moderni: corno di caccia, zampogna, tromba di cavalleria, filicorno, tromba d’armonia, piva, tamburino basco, gironda, grancassa con battente a piatto. Poi vado sulla L e trovo lisciaiola: tessitora di tele lisce.

Lira è stata l’ultima parola che ho guardato sul dizionario Melzi: moneta d’argento del valore di cento centesimo. C’era anche Euro: vento orientale, scirocco.

Paolo Colagrande, Kammerspiel, cit. pag. 48-53

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Bathymetry, bathymetry, bathymetry: how to produce desired isobars

Here I report a simple (and fast!) procedure to obtain isobars for a given value of depth. First of all, you need a database of depth for the region of interest. An useful repository for this kind of resource is the ETOPO website. The GEODAS Grid Translator will allow you to download a text file (.XYZ is my preferred format) with the spatial coordinates (Y: Latitude,  X:Longitude) and Depth/Elevation (Z).

Now you need  2 R packages: maptools and PBSmapping. After installation, open a terminal in the folder containing the .XYZ file, load the packages and read the file. I should rename the columns as follows:

Now I must create a topography for the data using the follwing code:

isob <- c(-100,-200)
icol <- rgb(0,0,seq(255,100,len=length(isob)),max=255);
#Make topography
alBathy <- makeTopography(BATHY)
alCL <- contourLines(alBathy,levels=isob)
alCP <- convCP(alCL)
alPoly <- alCP$PolySet
attr(alPoly,”projection”) <- “LL”
plotMap(alPoly,type=”n”);
addLines(alPoly,col=icol);

Afterthat, you have just to select a value of depth (e.g. -100 m), and then you can produce the corresponding isobar by these instructions:

#-100
alCL_100 <- contourLines(alBathy,levels= -100)
alCP_100 <- convCP(alCL_100)
alPoly_100 <- alCP_100$PolySet
attr(alPoly_100,”projection”) <- “LL”
plotMap(alPoly_100,type=”n”);
addLines(alPoly_100,col=icol);
write.table(alPoly_100, file=”alPoly_100.txt”, sep=”;”, dec=”,”)

The output file .txt can be easily converted in .xls format (Microsoft Excel) and then inported into ArcMap. Finally, Isobar can be obtained by using the ARCGIS Generic tool “Convert Points to Lines“.

The complete list of commands presented in this post can be download in the R corner of this blog.

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A simple code to simulate Lotka-Volterra dynamics

Forced by teaching activity, I realised how is difficult to understand the Lotka-Volterra formulation of inter-specific competition without a graphical help. Then, i quickly found the package asbio. It provides the function anm.LV, which creates animated plots of two famous abundance models from ecology: the Lotka-Volterra competition and exploitation models. I modified this function in 2 ways:

  1. by adding a stochastic time-indipendent component to the abundance of each population;
  2. an additional plot in which the zero growth isocline is reported for each species, and the evolution of the system is progressively represented by points of coordinates N1,N2 (the sizes of the two populations).

Here I show two basic examples.

Load the asbio library, and then the function anm.LVcomp (it is a modified version of the function contained in asbio). A text file (.doc) with the code is available in R corner page of this blog.

Now, you are ready to simulate! Select a series of value for the parameters of the two population. The first example starts from these values:

N1=150 (initial size of first population)

N2=50 (initial size of second population)

r1= 0.7 (growth rate of the first population)

r2= 0.8 (growth rate of the second population)

K1= 750 (carrying capacity of the system for the first population)

k2= 1000 (carrying capacity of the system for the second population)

a1.2= 0.7 (inter-specific coefficient of competition for the first species to the second one)

a2.1= 0.5 (inter-specific coefficient of competition for the second species to the first one)

The video of this example can be find here.

This first simulation ends with the substantial decline of the first species.

The second example shows what happens in case of a stable equilibrium….

The video of this second example can be found here.

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Paradossi generazionali

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